První údaj o muzejní botanické sbírce je už z roku 1813, tedy dříve, než bylo v roce 1817 založeno vlastní muzeum tehdy pojmenované Františkovo. V roce 1853 sepsal kustod sbírek Albín Heinrich seznam, obsahoval přibližně 1 500 druhů cévnatých rostlin z území Moravy a Slezska, kolem 15 000 kusů od Konstantina Münch-Bellinghausena, mezi nimiž byly i vzácnější rostliny z Asie, Ameriky, Afriky a Austrálie, řasy z benátských lagun, mechorosty, dále vzorky dřev, semena, a také voskové modely plodů ovoce a hub.
Později k významným přírůstkům patřily herbáře Eduarda Formánka (1900), Josefa F. Freyna (1905), ve 20. století sbírky Františka Zavřela, Albína Wildta, Františka Teubera, materiál, který pocházel z území Moravy a který vzešel z výzkumných exkurzí Komise pro přírodovědné prozkoumávání Moravy, herbáře Richarda Picbauera, Eduarda Baudyše, Josefa Jedličky, Josefa Podpěry, Jana a Františka Šmardy, Vojtěcha Vlacha, Stanislava Staňka a Františka Černocha, nejnovější významné přírůstky jsou sběry Petra Albrechta, Bohumila Trávníčka a Jaroslava Čápa. V současné době obsahuje herbář botanického oddělení 980 000 položek cévnatých rostlin, mechorostů, lišejníků, hub a řas a je třetí největší v České republice. Mezi herbářovými položkami bylo zatím nalezeno téměř 2 500 dokladů typového charakteru (to jsou jedinečné exempláře rostlin, podle kterých je vytvořeno jméno druhu nebo jméno taxonu nižší klasifikace, např. poddruhu, variety). Sbírky byly zprvu uloženy v Biskupském dvoře, ke konci 2. světové války byla dočasně větší část z preventivních důvodů uschována na hradě Pernštejn v Nedvědici, r. 1948 botanické oddělení přesídlilo na Preslovu ulici v Brně, od 70. let 20. století je část sbírky uložena na zámku v Budišově u Třebíče, r. 1998 se pracovny a větší část sbírek přestěhovaly do Brna-Slatiny.
Od založení muzea o botanické sbírky pečovala řada kustodů, ti se věnovali také badatelské činnosti: Albín Heinrich (1836–1864), Mořic Vilém Trapp (1864–1895), František Karel Stohandl (1896–?), Karel Vandas (1905–1909), Josef Podpěra (1909–1914), František Skyva (1909–? a 1919–1945; mykolog, uspořádal a zinventoval sbírky), Jan Macků (1914–1919), Johann Hruby (1939–1945), Jan Šmarda (1945–1953; zabýval se floristikou, bryologií a fytogeografií, v letech 1949–1952 byl také ředitelem muzea), Milada Tomková-Součková (1949–1959; věnovala se kresbě rostlin a studiu hub, byla dočasnou vedoucí), Karel Kříž (1967–1977; mykolog, vybudoval houbařskou poradnu), Valentin Pospíšil (1959–1982; především bryolog, studoval rozšíření mechů, dlouholetý vedoucí oddělení), Karel Sutorý (1973 – dosud; botanik se zaměřením na rostliny z čeledi brutnákovité a hledání unikátních typových dokladů, dlouholetý vedoucí oddělení), Vladimír Antonín (1979 – dosud; mykolog, věnuje se především bělovýtrusým lupenatým houbám, popsal více než sto nových druhů, současný vedoucí oddělení), Olga Skácelová (1984–1996; hydrobiologie, řasy a sinice), Ivan Novotný (1984 – dosud; mechorosty, zaměřený na útlovláskovité, popsal první výskyt invazního mechu křivonožky v České republice), Alois Vágner (1992–2015; určování hub v houbařské poradně), Marta Dědečková (1993–2011; biogeografie, mechorosty), Svatava Kubešová (1997 – dosud; floristika mechorostů), Hana Ševčíková (2011 – dosud; mykoložka, věnuje se lupenatým houbám, zejména rodu Pluteus).
K „Jubilejní výstavě soudobé kultury“ (r. 1928) byla vybudována expozice, jejíž součástí byly atraktivní ze dřeva vyřezané houby a ovoce; ty pod vedením Františka Skyvy vytvořil řezbář Josef Rulíšek; v současné době jich oddělení vlastní kolem 400 a výběr z nich je k vidění v houbařské poradně. Významným počinem byla výstava „Houby / Fungi“. Trvala od roku 1965 do roku 1973 a připravil ji Jan Špaček s řadou spolupracovníků. Byla hodnocená jako tehdy nejlepší v Evropě. V minulých letech oddělení organizovalo mj. výstavu „Zelená krása mechorostů aneb jak se státi bryologem“, která putovala po 16 muzeích v celé České republice, opakovaně pořádá bryologické víkendy (exkurze a pozorování mechorostů pomocí mikroskopů v laboratoři) nebo se podílí na výstavách čerstvých hub. Výstava se koná v Dietrichsteinském paláci.
Později k významným přírůstkům patřily herbáře Eduarda Formánka (1900), Josefa F. Freyna (1905), ve 20. století sbírky Františka Zavřela, Albína Wildta, Františka Teubera, materiál, který pocházel z území Moravy a který vzešel z výzkumných exkurzí Komise pro přírodovědné prozkoumávání Moravy, herbáře Richarda Picbauera, Eduarda Baudyše, Josefa Jedličky, Josefa Podpěry, Jana a Františka Šmardy, Vojtěcha Vlacha, Stanislava Staňka a Františka Černocha, nejnovější významné přírůstky jsou sběry Petra Albrechta, Bohumila Trávníčka a Jaroslava Čápa. V současné době obsahuje herbář botanického oddělení 980 000 položek cévnatých rostlin, mechorostů, lišejníků, hub a řas a je třetí největší v České republice. Mezi herbářovými položkami bylo zatím nalezeno téměř 2 500 dokladů typového charakteru (to jsou jedinečné exempláře rostlin, podle kterých je vytvořeno jméno druhu nebo jméno taxonu nižší klasifikace, např. poddruhu, variety). Sbírky byly zprvu uloženy v Biskupském dvoře, ke konci 2. světové války byla dočasně větší část z preventivních důvodů uschována na hradě Pernštejn v Nedvědici, r. 1948 botanické oddělení přesídlilo na Preslovu ulici v Brně, od 70. let 20. století je část sbírky uložena na zámku v Budišově u Třebíče, r. 1998 se pracovny a větší část sbírek přestěhovaly do Brna-Slatiny.
Od založení muzea o botanické sbírky pečovala řada kustodů, ti se věnovali také badatelské činnosti: Albín Heinrich (1836–1864), Mořic Vilém Trapp (1864–1895), František Karel Stohandl (1896–?), Karel Vandas (1905–1909), Josef Podpěra (1909–1914), František Skyva (1909–? a 1919–1945; mykolog, uspořádal a zinventoval sbírky), Jan Macků (1914–1919), Johann Hruby (1939–1945), Jan Šmarda (1945–1953; zabýval se floristikou, bryologií a fytogeografií, v letech 1949–1952 byl také ředitelem muzea), Milada Tomková-Součková (1949–1959; věnovala se kresbě rostlin a studiu hub, byla dočasnou vedoucí), Karel Kříž (1967–1977; mykolog, vybudoval houbařskou poradnu), Valentin Pospíšil (1959–1982; především bryolog, studoval rozšíření mechů, dlouholetý vedoucí oddělení), Karel Sutorý (1973 – dosud; botanik se zaměřením na rostliny z čeledi brutnákovité a hledání unikátních typových dokladů, dlouholetý vedoucí oddělení), Vladimír Antonín (1979 – dosud; mykolog, věnuje se především bělovýtrusým lupenatým houbám, popsal více než sto nových druhů, současný vedoucí oddělení), Olga Skácelová (1984–1996; hydrobiologie, řasy a sinice), Ivan Novotný (1984 – dosud; mechorosty, zaměřený na útlovláskovité, popsal první výskyt invazního mechu křivonožky v České republice), Alois Vágner (1992–2015; určování hub v houbařské poradně), Marta Dědečková (1993–2011; biogeografie, mechorosty), Svatava Kubešová (1997 – dosud; floristika mechorostů), Hana Ševčíková (2011 – dosud; mykoložka, věnuje se lupenatým houbám, zejména rodu Pluteus).
K „Jubilejní výstavě soudobé kultury“ (r. 1928) byla vybudována expozice, jejíž součástí byly atraktivní ze dřeva vyřezané houby a ovoce; ty pod vedením Františka Skyvy vytvořil řezbář Josef Rulíšek; v současné době jich oddělení vlastní kolem 400 a výběr z nich je k vidění v houbařské poradně. Významným počinem byla výstava „Houby / Fungi“. Trvala od roku 1965 do roku 1973 a připravil ji Jan Špaček s řadou spolupracovníků. Byla hodnocená jako tehdy nejlepší v Evropě. V minulých letech oddělení organizovalo mj. výstavu „Zelená krása mechorostů aneb jak se státi bryologem“, která putovala po 16 muzeích v celé České republice, opakovaně pořádá bryologické víkendy (exkurze a pozorování mechorostů pomocí mikroskopů v laboratoři) nebo se podílí na výstavách čerstvých hub. Výstava se koná v Dietrichsteinském paláci.
Podle webu MZM
(lh,turistickelisty.cz,foto MZM)